Den 31. oktober, på de døde sjæles nat, mødes de levende og de døde på kirkegården ved midnat.

For Peter Boutrup sker der mere end det, da han en sen og regnfuld aften opsøger veninden Mys grav. Mys mor dukker op og vil have ham til at finde sin forsvundne søn, Magnus. Og næste dag bliver en ung nonne, Melissa, fisket op af voldgraven på det kloster på Djursland, hvor Peter arbejder som tømrer.

Melissa er garroteret – en gammel spansk henrettelsesmetode - og Peter er den sidste til at se hende i live.Samme sommer har minedykkeren, Kir Røjel, fundet en kasse med gamle knogler under dykning ved Kalø Vig. Det viser sig, at manden i knoglekassen også er blevet garroteret.

For 60 år siden. Mens Peter leder efter Magnus og en sammenhæng mellem hans forsvinden og Melissas død, får politimanden Mark Bille Hansen til opgave at kæde knoglerne sammen med pigen i voldgraven – og jagten på sandheden sender ham et højst overraskende sted hen.

De døde sjæles nat er en roman om stjerner og vandbærere og om, at de stærke måske nok har magt, men ikke altid ret.